Toda la franja norte del continente está ocupada por países de tradición islámica. Entre ellos hay algunos que ejercen una cierta tolerancia; es el caso, por ejemplo, de Túnez y Marruecos, donde se consiente a los cristianos la libertad de culto, pero no de evangelización. Más difícil es la situación en los países en los cuales está en vigor la «ley islámica» o Sharía en ellos, por ejemplo en Mauritania, existe una verdadera discriminación hacia los no musulmanes. Al sur del Sáhara, la expresión de la libertad religiosa encuentra sobre todo dos obstáculos: la presencia de sectas fundamentalistas islámicas, más o menos apoyadas por los gobiernos locales; y la acción de gobiernos marxisca-leninistas o nacionalistas que por motivos ideológicos dificultan la vida de la Iglesia y de otras religiones. El integrismo islámico crea graves problemas particularmente en Nigeria y en Sudán. En el primer país, con un cincuenta por cien de musulmanes, la región septentrional se ve agitada a menudo por desórdenes que concluyen con centenares de muertos y numerosas iglesias incendiadas.
En el segundo, la mayoría musulmana del norte intenta la imposición de la Sharía a la minoría cristiana y animista del sur.
Entre los países con gobierno marxista-leninista, los mayores sufrimientos los padece Etiopía, donde el régimen del coronel Menghistu ha encarcelado y fusilado a centenares de sacerdotes y dirigentes de la Iglesia copta ortodoxa. En Mozambique el gobierno del Frente de Liberación de Mozambique se apoderó de todas las propiedades de la Iglesia en 1975; del mismo modo ha sucedido en Burundi, en donde el presidente Bagaza llegó a cerrar algunos seminarios y arrestar a algunos laicos y sacerdotes.
Arrestos de líderes religiosos caracterizan también la situación de Sudáfrica, donde millares de cristianos han conocido la prisión por su solidaridad con los movimientos anti-apartheid.
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